ההבדלים בין מנועי מקורר אוויר למנוע מקוררי מים הם כדלקמן:
1. טמפרטורת עבודה: טמפרטורת העבודה המתאימה של דופן הצילינדר של מנוע מקורר אוויר היא 150-180 מעלות, בעוד שטמפרטורת העבודה המתאימה של מעיל קיר הצילינדר של מנוע מקורר מים היא 85-95 מעלות .
2. שיטת קירור: קירור אוויר משתמש באוויר כמצע הקירור. האוויר הזורם במהירות גבוהה לוקח ישירות את החום של חלקים בטמפרטורה גבוהה כדי להפחית את טמפרטורת המנוע. קירור מים משתמש במים (או אנטיפריז) כאמצעי קירור כדי להסיר את החום של חלקי מנוע בטמפרטורה גבוהה כדי להבטיח את טמפרטורת הפעולה הרגילה של המנוע.
3. תרחישי יישום: מנועי מקורר אוויר משמשים בדרך כלל במנועי שתי פעימות, ומנועים מקוררי מים משמשים בדרך כלל במנועי ארבע פעימות.
4. עלות ותחזוקה: למנועי מקורר אוויר יש עלות נמוכה ומבנה פשוט. כל עוד ראש הצילינדר ובלוק הצילינדר נשמרים נקיים, לא יהיו תקלות במערכת הקירור. מנועים מקוררים במים דורשים משאבות מים נוספות, רדיאטורים, נוזלי קירור וכו', ולכן עלויות הייצור הראשוניות ועלויות התחזוקה והתיקון שלאחר מכן גבוהות יחסית.
